Однажды в трактире селится новый постоялец — бывший моряк Билли Бонс. Спустя некоторое время, к нему начинают приходить странные гости. Первым является моряк по кличке Чёрный Пёс, старый знакомый Билли. Они ссорятся, Бонс ранит Чёрного Пса, но тот спасается бегством. Затем Билли посещает страшный слепой нищий Пью, который передаёт ему чёрную метку — грозное пиратское предупреждение вожакам, которые нарушают интересы команды. Билли, получив метку, решает поспешно покинуть насиженное место, но внезапно умирает от апоплексического удара. Джим и его мать, которым Билли задолжал денег за постой, обыскивают мёртвого моряка и его вещи. На дне его сундука они обнаруживают деньги и пакет бумаг. Из этих бумаг становится ясно, что Бонс был помощником капитана (англ. first mate) на корабле знаменитого пирата Флинта и владел картой острова, где Флинт зарыл свои сокровища.
Джим едва успевает забрать бумаги Флинта из-под носа слепого Пью и его головорезов, которые нападают на трактир «Адмирал Бенбоу» с целью завладеть картой. Бонс, Чёрный Пёс, слепой Пью и остальные — все они бывшие члены команды «Моржа», пиратского судна капитана Флинта. Внезапно на помощь Джиму и его матери приходит отряд королевских таможенников. Слепой Пью случайно погибает, а остальные пираты спешно спасаются бегством — их отход прикрывает команда пиратского люггера, на котором находятся их сообщники.
Джим передаёт документы и карту доктору Ливси и сквайру Трелони. Состоятельный Трелони начинает подготовку экспедиции и поручает дельцу Блендли снарядить для экспедиции подходящее судно — шхуну «Испаньола».
Капитан «Испаньолы» Смоллетт выражает большие сомнения в надёжности команды, а в особенности не доверяет своему помощнику — штурману Эрроу, но уступает уговорам доктора Ливси и снисходительности Трелони. «Испаньола» отправляется из Бристоля к Острову сокровищ. В пути Джиму удаётся подслушать тайный разговор матроса Дика, «второго» боцмана Израэля Хендса и кока, одноногого Джона Сильвера, по прозвищу Окорок (англ. Barbecue), он же Долговязый Джон. Оказывается, что экипаж, который нанял Трелони, большей частью состоит из бывшей команды Флинта, и Сильвер — глава заговора, цель которого — захватить сокровища…

• Джим Хокинс (англ. Jim Hawkins) — подросток, главный действующий герой, от имени которого (за исключением нескольких глав от имени доктора Ливси) и ведётся повествование. Именно его поступки раскручивают сюжет романа Стивенсона. Джим Хокинс активно участвует во всех событиях: это он подружился с пиратом Билли Бонсом, это он выкрал карту Острова Сокровищ из сундука этого пирата, которую передал доктору Ливси и Сквайру; он обнаружил на корабле заговор, нашёл Бена Ганна, убил Израэля Хендса, увёл корабль пиратов на Северную стоянку и стал яблоком раздора в противостоянии между Джоном Сильвером и остатками его шайки.
• Мать Джима Хокинса — владелица трактира «Адмирал Бенбоу».
• Доктор Дэвид Ливси (англ. Dr. David Livesey) — джентльмен, врач и судья, человек поразительной храбрости, готовый без колебания исполнить свой профессиональный и человеческий долг. Когда-то служил в войсках герцога Кумберлендского и получил рану в битве под Фонтенуа (1745).
• Сквайр Джон Трелони (англ. Squire John Trelawney) — богатый землевладелец, финансировавший экспедицию за сокровищами Флинта. Ростом выше шести футов (183 см). Изначально претендовал на лидерство; однако его болтливость и некомпетентность стали причиной того, что большинство экипажа "Испаньолы" составили головорезы покойного Флинта. Уступил право командования капитану Смоллетту, когда узнал о готовящемся мятеже. Отличный стрелок. Взял в плавание троих верных слуг, которые хорошо показали себя в схватке с разбойниками.
• Капитан Александр Смоллетт (англ. Captain Alexander Smollett) — капитан «Испаньолы». Профессиональный моряк, имеющий познания не только в навигаторстве, но и в организации корабельного быта. Во время штурма блокгауза получил два огнестрельных ранения. Рост выше шести футов (183 см). После возвращения в Англию оставил морскую службу.
• Том Редрут (англ. Tom Redruth) — старый лесник из свиты сквайра; погиб у частокола от пистолетного выстрела в день прибытия шхуны к острову.
• Джон Хантер (англ. John Hunter) — слуга Сквайра, погиб во время штурма форта. Один из пиратов вырвал у него из рук мушкет и, просунув его в бойницу, нанёс ему страшный удар, который сломал несчастному рёбра. Хантер упал и разбил себе череп. От этих ран он и скончался вечером того же дня.
• Ричард Джойс (англ. Richard Joyce) — слуга сквайра, погиб во время штурма форта — ему прострелили голову.
• Абрахам «Эйб» Грей (англ. Abraham Gray) — помощник корабельного плотника, вместе с Диком, Аланом и Томом (не путать с Томом Морганом) входил в число тех честных матросов, которых Сильвер и его подручные хотели переманить на свою сторону. Вняв призыву капитана Смоллета, перешёл на его сторону, отбившись от пятерых разъярённых бунтовщиков, порезавших ему лицо. В дальнейшем оправдал оказанное доверие, уложив наповал боцмана Джоба Эндерсона, пытающегося прорваться в сруб. После возвращения полученную часть сокровищ потратил на учебу и в результате стал штурманом и совладельцем небольшого судна.
• Бенджамин «Бен» Ганн (англ. Ben Gunn) — бывший пират, член экипажа «Моржа». Во время своего пребывания на острове соорудил лодку, на которой позже Джим Хокинс сумел доплыть до "Испаньолы". После смерти Флинта плавал на другом пиратском судне, но поссорился с командой и в наказание был оставлен на Острове Сокровищ. Во время своей вынужденной трёхлетней жизни на острове раскаялся в своих преступлениях; нашёл основную часть сокровищ Флинта и перенёс их в свою пещеру. О его приключениях на острове английский писатель Р. Ф. Делдерфилд написал книгу «Приключения Бена Ганна». После возвращения потратил свою долю сокровищ за восемь дней, после чего был принят сквайром на работу привратником.
• Аллан и Том — честные моряки, убитые пиратами в первый день бунта. Тома убил Сильвер, Аллана — второй боцман Эндерсон.

• Джон Сильвер, он же Долговязый Джон, он же Окорок — кок на «Испаньоле», затем предводитель взбунтовавшихся пиратов. Возраст — 50 лет (по словам самого Сильвера). Говорили, что «в молодости он был школяром и, если захочет, может разговаривать, как по книге». На «Морже» у Флинта выполнял обязанности квартирмейстера. Левая нога его была отнята по самое бедро, поэтому Сильвер ходил на деревянном протезе и с костылём. В отличие от жалкой судьбы большинства пиратов на берегу (не обошедшей даже самого Пью), особенно инвалидов, накопил денег и открыл собственный трактир «Подзорная труба» в порту Бристоля. Женат на негритянке. На плече носит попугая по имени Капитан Флинт. По окончании романа не только остался жив, вовремя переметнувшись на сторону победителей, но и скрылся от них в одном из портов не без помощи Бена Ганна, прихватив с собой немного денег. В отличие от книги, в отечественном фильме — Остров сокровищ (фильм, 1982) — Сильвер по нелепой случайности погибает от выстрела Бена Ганна отравленной стрелой из духовой трубки. О жизни Сильвера до событий «Острова Сокровищ» Деннисом Джудом написан роман «Приключения Долговязого Джона Сильвера».
• Джоб Эндерсон (англ. Job Anderson) — рослый, сильный, храбрый и энергичный боцман. После исчезновения Эрроу исполнял на шхуне обязанности первого помошника капитана. Второй по значимости пират на «Испаньоле» после Сильвера, великолепно орудует тесаком и стреляет из пистолета. Пал от руки Абрахама Грея во время штурма частокола. В отечественном фильме по собственной халатности взорвался на бомбе из бочонка с порохом, установленной Джорджем Мерри.
• Израэль Хэндс (англ. Israel Hands) — помощник боцмана (боцманмат или второй боцман), после гибели штурмана Эрроу и повышения Джоба Эндерсона стал исполнять обязанности боцмана, вместе с Сильвером, Эндерсоном, Мерри и корабельным плотником составлял ядро заговорщиков, задумавших поднять мятеж на «Испаньоле» и завладеть картой. Оставлен Сильвером охранять «Испаньолу». Убит Джимом на борту «Испаньолы». На «Морже» у Флинта был канониром.
• Плотник «Испаньолы» (имя и фамилия неизвестны) — сильный и опасный пират. Был убит во сне Беном Ганном. В советском фильме его звали Джек.
• Джордж Мэрри (англ. George Merry) — 35 лет, долговязый пират, подхвативший на острове злокачественную лихорадку, чем и объясняется его болезненный вид. После гибели Эндерсона, Хендса и плотника стал неформальным лидером шайки пиратов и подстрекателем против Сильвера, за что и был впоследствии застрелен Джоном Сильвером.
• Том Морган (англ. Tom Morgan) — самый старый разбойник из шайки пиратов, был оставлен Смоллетом и компанией искупать свои грехи на Острове Сокровищ. Вместе с ним остались молодые матросы Дик и Рыжий Фаулер.
• О’Брайен (англ. O'Brien) — пират, плешивый ирландец, носивший на голове красный спальный колпак. Принимал участие в штурме форта, после отступления пиратов перелезал через частокол последним, защитники форта по нему не стреляли. Был зарезан на борту «Испаньолы» Израэлем Хендсом в пьяной драке, успев перед этим того ранить. В повести Денниса Джуда «Приключения Долговязого Джона Сильвера» носит имя Майкл.
• Гарри — завсегдатай таверны «Подзорная Труба». Тот самый пират, которого (вместе с Длинноногим Беном) Джон Сильвер послал догнать Чёрного Пса. Впоследствии погиб при штурме частокола (предположительно). В отечественном фильме Гарри — глухонемой пират, таскающий на спине лёгкую пушку, лично знавший Флинта и оставленный на острове после развязки истории.
• Длинноногий Бен — завсегдатай таверны Джона Сильвера «Подзорная Труба». Вероятно, один из шестерых пиратов, оставленных Сильвером на «Испаньоле». Был застрелен сквайром Трелони у пушки (предположительно). В книге Р. Ф. Делдерфилда упоминается, что у пушки был смертельно ранен пират по имени Дик.
• Джон Фаулер (Джим Фаулер, Рыжий Фаулер) — один из троих выживших пиратов, оставленных на острове. В оригинальном авторском тексте имени не имеет, получил имя только в повести Л. Делдерфилда «Приключения Бена Ганна». В нём указано, что Фаулер не был пиратом и членом экипажа «Моржа», а примкнул к Джону Сильверу после того, как «Испаньола» покинула Англию. В отечественном фильме вместо него на острове был оставлен Гарри.
• Дэрк — один из тех разбойников, которые вместе с Пью и Чёрным Псом разгромили трактир «Адмирал Бенбоу». По выражению слепого Пью, всегда был болваном и трусом; вероятно, был убит при атаке сруба. В повести Денниса Джуда «Приключения Долговязого Джона Сильвера» носит фамилию Кемпбелл.
• Джонни — один из тех разбойников, которые вместе с Пью и Чёрным Псом разгромили трактир «Адмирал Бенбоу». Любил напевать песенку «Лиллибулеро».
• Трое безымянных пиратов — бывшие члены шайки старого Флинта.
• Дик Джонсон — молодой матрос; изначально Дик не был пиратом, подобно морякам из экипажа «Моржа». Он примкнул к заговорщикам под влиянием красноречия Сильвера.