Поль Гоген родился в Париже 7 июня 1848 года. Его отец, Кловис Гоген (1814—1849), был журналистом в отделе политической хроники журнала Тьера и Армана Мара «Насьональ», одержимым радикальными республиканскими идеями; мать, Алина Мария (1825—1867), была родом из Перу из богатой креольской семьи. Её матерью была известная Флора Тристан (1803—1844), разделявшая идеи утопического социализма и опубликовавшая в 1838 году автобиографическую книгу «Скитания парии».

В 1849 году, после неудавшегося антимонархического переворота, Кловис, не чувствуя себя в безопасности на родине, решил покинуть Францию. Вместе с семьей он погрузился на судно, идущее в Перу, где намеревался осесть в семье своей жены Алины и открыть собственный журнал. Этим планам не суждено было сбыться. По пути в Южную Америку Кловис умер от сердечного приступа.

Таким образом, до семилетнего возраста Поль жил в Перу и воспитывался в семье матери. Впечатления детства, экзотическая природа, яркие национальные костюмы, беззаботная жизнь в поместье дяди в Лиме остались в его памяти на всю жизнь, сказавшись в неуемной жажде путешествий, в тяге к тропикам.