У Хелены есть два брата: Эдвард и Томас. Семья Бонем Картер имеет прочные и широкие связи в политике и шоу-бизнесе. Она — правнучка премьер-министра Великобритании лорда Асквита и внучка политика и парламентария баронессы Асквит.

У Хелены есть двоюродный брат Криспин Бонем Картер, тоже актёр, наиболее известен как исполнитель роли мистера Бингли в мини-сериале BBC «Гордость и предубеждение».

Хелена получила образование в Вестминстерской школе (англ.)русск..

Когда Хелене Бонем Картер было пять лет, её мать получила нервный срыв, после которого она оправлялась три года. Впоследствии она стала психотерапевтом. Через пять лет после восстановления её матери, отец Хелены стал глухим на одно ухо. Была сделана операция по удалению опухоли, которая привела к инсульту, после этого он был прикован к инвалидной коляске. Хелена и её два брата ушли из колледжа, чтобы помогать матери справиться с этой ситуацией. Реймонд умер в январе 2004 года.

Хелена решила, что хочет стать актрисой, посмотрев фильм «Женщина французского лейтенанта». Она дебютировала в кино в пятилетнем возрасте — на заднем плане телевизионной «мыльной оперы» «Там, где умирают мечты».

В 1994 году Бонем Картер появилась во время второго сезона комедийного Британского сериала «Absolutely Fabulous».

Ранние фильмы привели её к репутации «Английской розы» и «Королевы корсетов». В 1996 она играла Оливию в фильме Тревора Нанна «Двенадцатая ночь». Одним из ярких моментов её карьеры было исполнение роли интриганки Кейт Крой в 1997 году в фильме «Крылья голубки». За эту роль Хелена была номинирована на «Золотой глобус» и премию «Оскар».

Широкую известность во всем мире Хелене принесла роль неуравновешенной Марлы Сингер в фильме Дэвида Финчера «Бойцовский клуб» (1999). После этой роли Бонем Картер выбралась из амплуа «Королевы корсетов», став образцом для подражания многих американских девушек.

В 2006 году Хелена запустила свою линию одежды Pantaloonies совместно с дизайнером купальников Самантой Сейдж. Она сыграла Миссис Ловетт в мюзикле 2007 года «Суини Тодд, демон-парикмахер с Флит-стрит», режиссёром которого является Тим Бёртон. Хелена получила номинацию на Золотой глобус за лучшую женскую роль в её исполнении. Также Бонем Картер появилась в четвёртом фильме о Терминаторе, играя небольшую, но ключевую роль.

В 2006 году Хелена запустила свою линию одежды Pantaloonies совместно с дизайнером купальников Самантой Сейдж.

В 2009 году журнал Empire включил Хелену в число 50 самых сексуальных кинозвезд всех времен.
Актриса заняла 9 место, оставив далеко позади Монику Белуччи, Хэлли Берри, Шарлиз Терон и даже Мэрилин Монро.

В 2010 году она присоединилась к актёрскому составу фильма «Алиса в Стране чудес», где исполнила роль Червонной Королевы.

В 2012 году Бонем Картер появилась в роли мисс Хэвишем в адаптации романа «Большие надежды». В апреле 2012 она появилась в клипе Руфуса Уэйнрайта на его песню «Out of the game». Также она снялась в музыкальной экранизации книги «Отверженные», где сыграла роль Мадам Тенардье.

В том же году Хелена появилась в короткометражке для бренда одежды Prada.

В мае 2016 года на телеканале ВВС One вышел первый эпизод мини-сериала «С любовью, Нина», состоящий из пяти эпизодов. Хелена сыграла там мать двоих детей по имени Джорджия. В этом же месяце, на экраны вышел фэнтезийный приключенческий фильм «Алиса в Зазеркалье», являющийся продолжением ленты «Алиса в Стране чудес», где исполнила роль Червонной Королевы.

Хелена дружна с актёром Джонни Деппом и его семьёй.

Депп является крёстным отцом её сына и дочери.