родился 19 октября 1829 года в семье бедного причетника Илии Михайловича и Феодоры Власьевны Сергиевых в селе Сура Пинежского уезда Архангельской губернии. Дед и другие предки в роду его отца были священниками на протяжении 350 лет. Мальчик был слаб здоровьем, часто болел. Мать подолгу молилась о сыне, и Ваня, видя молящуюся мать, сам учился глубокой проникновенной молитве. Отец с раннего детства постоянно брал его в церковь и воспитал в нем особенную любовь к богослужению. Школьные дела у Иоанна шли плохо. Он много молился о даровании ему разума к постижению учения, и Господь услышал его молитву. После приходского училища он окончил Архангельскую духовную семинарию первым по успеваемости и Петербургскую духовную академию. Женился на дочери протоиерея Константина Несвитского Елизавете. Супруги приняли на себя подвиг девства. По рукоположении молодой священник был назначен ключарем Андреевского собора города Кронштадта. В то время правительство ссылало в Кронштадт убийц, воров и прочих уголовных преступников. На этих отвергнутых всеми людей и обратил внимание молодой кронштадтский священник. Ежедневно он приходил в их землянки и подвалы не на 10-15 минут, чтобы исполнить какую-либо требу и уйти; он шел к живой бесценной душе, к братьям и сестрам, оставался там часами, беседовал, увещевал, утешал, ухаживал за больными, плакал и радовался вместе с ними. Он сам отправлялся в лавочку за продуктами, в аптеку за лекарством, за доктором, отдавал беднякам все свои деньги, одежду и обувь. Уходил он оттуда радостный, надеясь, что Господь пошлет средства для дальнейших благодеяний. Кронштадтские жители видели, как он возвращается домой босой и без рясы и приносили матушке обувь, говоря: «Твой отдал свою кому-то, придет босым». Раздавая бедным все свои средства, отец Иоанн скоро убедился, что такая благотворительность недостаточна, чтобы удовлетворить всех нуждающихся. Он призывал жителей Кронштадта помочь бесприютным беднякам. Люди деятельно откликнулись на просьбу пастыря. Стараниями отца Иоанна в Кронштадте был устроен Дом трудолюбия с мастерскими, школой, детским садом, приютом, столовой, библиотекой, бесплатной лечебницей, ночлежным и странноприимным домом. Благотворительная деятельность отца Иоанна исчислялась миллионами рублей в год. Он говорил: «У меня своих денег нет. Мне жертвуют, и я жертвую». Истинной здравницей скорбящих душ отец Иоанна считал храм Христов, а самым действенным средством исцеления — Божественную литургию. Отец Иоанн совершал Литургию каждый день. «Христос Спаситель установил таинство Причащения, чтобы очистить нас огнем Своего Божества, искоренить грех, сообщить нам Свою святость и правду, сделать нас достойными рая и радости неизреченной». Когда отец Иоанн молился, казалось, он видит перед собой Бога и дерзновенно говорит с Ним. Он умолял, упрашивал и даже настаивал, словно, схватившись за ризу Христову, был готов не выпустить ее из рук, пока не будет услышан. По его молитвам стали происходить чудотворения, и слухи о них распространились в Кронштадте и Петербурге; их стали публиковать и обсуждать в печати. Люди тянулись к нему сначала десятками, затем сотнями и тысячами. На исповеди, длившиеся по 12 часов, приходило до 6 тысяч человек.