В XII веке в долине реки Урубамба возникло государство инков. Следует отметить, что инки — это не этнос, а правящий класс. За пять столетий инкское государство Тауантинсуйу превратилось в крупнейшую империю доколумбовой Америки. На севере граница проходила по реке Патия (Колумбия), на юге — по реке Мауле (Чили), на востоке власть инков распространялась на части территорий нынешних Бразилии, Парагвая и Аргентины. Одна из самых знаменитых крепостей инков — Мачу-Пикчу, находится именно в Перу.
Основной отраслью производства эпохи инков было земледелие. Земля разрыхлялась палками, плуг был неизвестен. Возделывались маис, маниока, картофель, томаты, бобы, табак, кока и хлопок. Из домашних животных разводились ламы. Из ремёсел значительного развития достигли ткачество из хлопка и шерсти, гончарство (без гончарного круга), обработка золота, серебра, меди и бронзы. Кузнечные мехи были неизвестны — огонь раздувался через медные трубы. Неизвестны были и гвозди — доски связывались ремнями. Из камней, сложенных без цемента, строились здания, мосты и дороги. Вместо письменности использовались разноцветные шнурки с узелками (кипу). Основная масса населения — земледельцы — жила общинами, совместно обрабатывая землю. Треть урожая поступала в собственность инков, другая треть — храмам. Кроме того, общины отбывали трудовую повинность на строительстве дорог, мостов, дворцов и поставляли инкам солдат, а также рабынь для гаремов инков и для обслуживания жрецов.

В эпоху освободительного движения в Южной Америке в начале 19-го века Перу было оплотом испанского колониализма. Из Перу королевские войска посылались в Аргентину, Чили, Колумбию. Но в 1820 в Перу высадился десант из 4,5 тыс. повстанцев во главе с «генералом» Сан-Мартином, прибывшим из Чили. Он взял Лиму и, провозгласив 28 июля 1821 независимость Перу, стал диктатором («протектором»). Однако вскоре в Лиме вспыхнуло восстание против Сан-Мартина, он был вынужден отказаться от власти и вернулся в Чили. В июне 1823 испанцы возвратили себе владычество над Перу.
В 1824 в Перу с севера вторглись войска Сукре, сподвижника Боливара. Они окончательно разбили испанцев. Боливар разделил Перу на две страны — собственно Перу, которым стал править сам, и Боливию (названную в его честь), которую он отдал под правление Сукре.

В 1918-19 происходили забастовки горняков, текстильщиков, портовых рабочих, перераставшие иногда в вооруженные столкновения с правительственными войсками. Рабочих поддержали студенчество, выступившее за реформу системы образования, и некоторая часть военнослужащих. В этих условиях финансист А. Легия совершил переворот и установил режим личной диктатуры (1919-30). Правительство Легии поощряло инвестиции американских компаний, особенно нефтяных, однако оно было вынуждено пойти на некоторые ограничения прав иностранных капиталистов. По конституции 1920 недра были объявлены государственным достоянием, собственность на землю регулировалась исключительно перуанскими законами. Крестьянские общины получили право юридического лица, были введены прогрессивно-подоходный налог и социальное страхование для трудящихся.
В условиях начавшегося в 1927 нового подъёма левого движения в 1928 под руководством Х. К. Мариатеги была основана Перуанская коммунистическая партия (ПКП), до 1930 называлась Социалистической партией. Коммунисты возглавили забастовки на принадлежавших североамериканским компаниям медных рудниках и нефтепромыслах, создали Всеобщую конфедерацию трудящихся, объединившую 90 тыс. чел., Федерацию батраков и индейцев.
Мировой экономический кризис 1929-33 особенно сильно поразил горнодобывающую промышленность. В 1930 произошли крупные стачки рабочих и служащих, крестьянские выступления, а также волнения на флоте и в армии. Лидеры левой апристской партии (её официальное наименование Американский народно-революционный альянс, испанское сокращение — АПРА) успешно сорвали усилия коммунистов, направленные на создание «народного антиимпериалистического фронта». В 1932 конгресс принял ряд законов, направленных против подрывных элементов. Власти получили право запрещать собрания, митинги, закрывать газеты. В апреле 1933 была введена новая конституция, установившая президентско-парламентский режим.

• 1968 — военный переворот. К власти приходят левые офицеры во главе с Хуаном Веласко Альварадо, который пытался провести в стране широкие реформы, которые по степени радикализма ставят на уровне Кубинской и Сандинистской революций.
• 1970—1980-е годы — зарождение и выступление маоистского партизанского движения «Сендеро Луминосо», позиционировавшего себя как «четвертая ступень ленинского учения, после Маркса, Ленина, Сталина и Мао Цзэдуна».
• 1980 — военные передают власть гражданскому правительству.
• 1980—1985 — президентство (второе) Фернандо Белаунде Терри
• 1981 — Война Пакиша
• 1985—1990 — президентство Алана Гарсиа
• 1990—2001 — президентство Альберто Фухимори
• 1995 — война Альто-Сенепа
• 2001 — свержение режима Фухимори в результате комбинации факторов: массовых народных выступлений, давления международных организаций и нестабильности внутри руководства
• 2001—2006 — срок полномочий президента Алехандро Толедо
• 2006—2011 — срок полномочий президента Алана Гарсиа
• 5 июня 2011 — новым президентом избран Ольянта Умала.